1.醫藥工業應用：含有木瓜蛋白酶的藥物，能起到、、淋巴性、原菌和寄生蟲 、結核桿菌等，可、利膽、止痛、助消化。治療婦科病、青光眼、骨質增生、刀傷口愈合、血型鑒別、昆蟲叮咬等。

2.食品工業應用：可利用酶促反應，使食品大分子的蛋白質水解成小分子肽或氨基酸。用于水解動植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、餅干松化劑、面條穩定劑、啤酒飲料澄清劑、口服液、、醬油釀造及酒類發酵劑等。有效轉化蛋白質的利用，大大提高食品營養價值，降低成本。有利于人體的消化和吸收。

3.化妝品應用：將木瓜蛋白酶加入到含有蛋白質和油脂的化妝品中，具有的美白嫩膚、美顏保健、祛斑除污垢、促進血液循環、改善肌膚等，提高產品檔次。可制成茶、護膚品等。 

4.日化品工業應用：　用于香皂、肥皂、洗滌劑、洗衣粉、洗手液等，去污力強，除菌消毒、安全放心。 

5.飼料工業應用：　用于飼料添加劑，開發蛋白源，利于吸收，提高飼料的利用率，節約成本，有助于牲畜消化，加速生長。如在豬、牛、羊、雞、鴨、鵝、魚、蝦等飼料中添加。還可以作為蔬菜水果復合肥料的添加劑。 

6.皮革工業應用：　利用木瓜蛋白酶制成脫毛劑，鞣制皮革，具有毛孔細膩，皮紋光亮效果。 紡織工業應用：可用于處理羊毛、蠶蛹脫膠、蠶絲精煉，能達到手感柔軟、舒適、抗收縮、抗張強度等效果。